O Departamento de Biotecnologia – LOT é um dos quatro departamentos de pesquisa e ensino que integram a Escola de Engenharia de Lorena  da Universidade de São Paulo – EEL/USP.  

Os trabalhos foram realizados por diversas instituições de pesquisa, sob coordenação da Secretaria de Tecnologia Industrial do Ministério da Indústria e Comércio, com o objetivo de encontrar um substituto nacional para o petróleo.  ​

As pesquisas concentraram-se na produção de etanol a partir de matérias-primas não convencionais, tais como mandioca, sorgo sacarino, madeira e resíduos lignocelulósicos, culminando com a instalação de diversas usinas-piloto no campus da Faculdade de Engenharia Química de Lorena – Faenquil, na cidade de Lorena, SP.  

A partir de 1984, a então Divisão de Biotecnologia da Fundação de Tecnologia Industrial passou a dedicar-se ao desenvolvimento de processos biotecnológicos, priorizando aqueles relacionados ao aproveitamento da biomassa lignocelulósica. 

​Com o objetivo de atender à demanda por um profissional capaz de gerenciar processos industriais que envolvem matérias-primas e catalisadores de origem biológica, o departamento propôs a criação do curso de graduação em Engenharia Bioquímica. ​Em 2000, o Programa de Pós-graduação em Biotecnologia Industrial – PPGBI recebeu a recomendação da CAPES para oferecer o curso em nível de Doutorado, o que ocorreu a partir do segundo semestre do mesmo ano, com o objetivo central de formar profissionais altamente qualificados e capacitados para a solução de problemas relevantes para o desenvolvimento e aperfeiçoamento de processos e produtos nas áreas de Conversão de Biomassa e Microbiologia Aplicada. 

​A qualidade das atividades desenvolvidas é reconhecida nacional e internacionalmente em temas que abordam a conversão biotecnológica de frações isoladas da biomassa bruta em produtos de interesse econômico, bem como na área de biotecnologia ambiental ligada ao monitoramento ecotoxicológico de águas e ao tratamento de efluentes.